- 1989年..香港政府發展馬鞍山為新市鎮為沙田區的一部分
- 1991年..為了興建鐵路到馬鞍山政府成立了馬鞍山鐵路可行性研究委員會..吸引了由日本而來的資金成立了馬鞍山鐵路有限公司
- 1992年..馬鞍山鐵道進行了可行性評估和環境評估..鑒於香港當時的經濟情況和前景..馬鞍山鐵路和政府商討合資經營..同時香港政府為了增加香港人的前景的信心..與多間機構成立東葉高速鐵道.
- 1995年..為方便市民稱呼..東葉高速鐵道全面使用馬鞍山鐵路的愛稱並簡稱馬鐵
- 1996年..利安居民和區議員發起請願運動要求馬鐵加設利安站但是因為香港前景問題令東葉高速鐵道暫緩新的投資
- 1997年..因應政府的無障礙政策,在所有車站加設升降機
- 1998年9月1日..接受八達通卡, 但不屬於發卡機構, 所以只能代九鐵售賣八達通卡, 收入歸九鐵所有
- 1999年..發生踏切事故, 令列車受損外還令馬鐵服務停擺超過6小時
- 2000年1月1日..因應千年蟲的風險, 馬鐵和九鐵在淩晨的一刻停止運作1分鐘整
- 2000年1月..為迎接千禧年..馬鐵員工制服一新..同時開始配上名牌
- 2000年8月..因應公司全面提升客服水平, 馬鐵設立客務中心和客務櫃位為客人服務
- 2001年3月..由於馬鐵途經多個繁忙路段和受雨季容易令路軌發生水浸困擾, 東葉高速鐵道決定建立連續立體交差的新高架化鐵路線, 並向政府售出沿線用地和向發展商售出車站上蓋物業權以換取工程費用
- 2001年7月..東葉高速鐵道研究建設往九鐵大學車站支線的可行性..計劃會把(新線)大圍站作紅磡和尖東方向的轉乘站, 大學作羅湖/落馬州的轉乘站.但是在社內會議通過前夕因巴士公司和運輸業界大力反對而取消計劃
- 2002年1月2日..全線休止並在接下來的半個月的深夜把保留的物資經鐵路線運往烏溪沙存放,而和九鐵共通的物品就運到火炭和紅磡車站存放並售回九鐵作零件
- 2002年2月..在物資搬運完成後把所有的鐵路車輛經東鐵運到火炭存放.
- 2002年9月..由於西鐵建設期間給揭發多宗醜聞, 令九鐵無故額外支付工程費用, 政府決定把西鐵的營運權以有回報方式交給東葉高速鐵道.
- 2002年11月..為了配合東葉高速鐵道的營運, 東葉高速鐵道聯絡了川崎重工和近畿車輛,把九廣西鐵的列車作小改,並改稱東葉2000型電車
- 2003年6月..由於東葉高速鐵道採用了12小時施工和在恆安以前的車站沿用了固有的鐵道線運送建材,所以施工進度比預期加快
- 2003年8月..距離馬鐵通車前最短還有1年時間, 東葉高速鐵道把馬鐵的愛稱全面取消, 並改稱馬鐵為馬鞍山線, 但保留九廣西鐵的名稱
- 2003年10月..馬鞍山線用的東葉3000-950型電車正式調到九廣東鐵運作, 設計為東葉特色, 並在實際運作中試行, 試行期間則一直修改電車設計
- 2003年12月20日..西鐵通車..當日九鐵主席田北辰, 行政總裁楊啟彥宣報今後九廣西鐵將會以營運權租賃形成轉移營運權給東葉高速鐵道, 九鐵負責釐定收費, 宣傳和行政工作.日常維護和營運就由東葉高速鐵道全權負責直到2033年12月20日.
- 2004年6月20日..為了令九廣東鐵能配合馬鞍山線直通運轉的運作已及方便個人遊旅客, 馬鞍山線先作部分開業. 同時為了區別馬鞍山線大圍站月台和東鐵月台, 馬鞍山線的部分稱為 "新線大圍". 部分開業開放了新線大圍和文化博物館站, 由於要模擬真實運作, 故此, 客人不可以在文化博物館站後繼續乘車.
- 2004年12月21日..馬鞍山正式通車.新的3000型電車引入大量先進科技 如:車內案內顯示屏, 同時也設立了馬鞍山線首兩個無人車站 : 文化博物館和石門站.
- 2005年8月4日..馬鞍山線通車十週年, 在今年內, 職員也配戴上10週年的襟章, 車費也減低3毫子為期一年, 以示對建設其間全線休止後對居民的謝意.
- 2007年2月14日..一列西鐵南行列車駛經大欖隧道時，車頂變壓器因過熱引致絕緣油氣化並爆炸，同時短路裝置發生故障，在變壓器發生短路時未能截斷電力供應，導致過熱起火。事發現場距離荃灣西站約2公里，約650名乘客步行到荃灣西站，另外約340人則在柴灣角通風大樓返回地面，有11人不適需要送院。
- 2007年2月..經協商後, 九鐵決定在一週後同時段免費給客人乘坐西鐵, 以示對爆炸事件影響乘客的歉意.
- 2007年8月1日..經過九鐵和九倉的協商, 決定廣東道站將不會興建後, 在西鐵通車後就招標的九龍南線當天正式通車, 令西鐵貫通新界九龍, 同時令九鐵重返尖沙咀的任務由東鐵交棒給西鐵.
- 2007年8月1日..同日, 兩鐵展開了三線相互直通運轉.列車首次由屯門經東鐵到烏溪沙.也是東葉2000系和3000系電車首次相遇載客.在此之前,兩鐵用了六個月的時間來準備三線車輛互相來往的工作
- 2007年12月2日..政府通過由東葉高速鐵道興建地下鐵東西線, 成為香港第一條鐵輪磁浮路線, 也是香港第二條地下鐵系統
- 2007年12月..東葉高速鐵道將會與九鐵及地鐵合併票務系統，讓日後沙中線轉乘得以使用合併方案，而無需各自另建鑽石山站、會展和金鐘站
- 2008年2月..政府決定斥資興建港深廣高速鐵路，但是會把把港深廣高速鐵路的營運權交給九鐵，這第二條九廣鐵路將會與國家高速鐵路網絡接軌，將於2015年通車
- 2008年2月..政府通過沙中線方案一拆為二，建設馬鞍山線段，即由大圍開始，經由鑽石山，土瓜環，啟德至黃埔，何文田最終到紅磡站；和東鐵段，由紅磡經會展站和金鐘，取代原本由馬鞍山線直接到中環南的方案，可以避免乘客經過多次轉車和複雜的車務安排到港島
- 2008年10月..地鐵、九鐵、東葉高速鐵道（西鐵範圍）間的轉乘站拆除閘機，乘客可以使用八達通外的車票轉乘不同鐵路網絡間的路線，在實施初期，更在轉乘通道間標上黃色，提示乘客閘機區域已重新劃分避免錯誤前往出閘機